クロード編
地球の銀河連邦軍となったクロード・C・ケニーはある日、初めての任務を受ける。 父、ロニキス・J・ケニー提督の護衛として戦艦に乗り込み、 惑星ミロキニアで発見された謎のエネルギーフィールドの調査へと向かった。
未知の装置を前に慎重な探索を心掛けるロニキスたち。 だが、クロードは父の制止も聞かず、装置へと接近する。 その時、突如強い力がクロードを捕まえた。 まばゆい閃光が走り、それがおさまったとき、彼は見知らぬ森の中にいた。 なんと彼は、天変地異に見舞われている未開の惑星 《エクスペル》へと転送されてしまったのだ!!

自分の身に何が起こったのかが分からず困惑しているところに、 魔物に襲われる1人の少女と遭遇する。その少女を、父から受け取った 閃光銃《フェイズガン》を使って助けたことから全ては始まる。
彼女が言うには、このエクスペルには古い言い伝えがあるらしい。

『この地、エクスペル。 脅威に襲われ民苦しむ時、
 異国の服を纏し勇者、現われん・・・・
 彼の者、光の剣を構え、人々を救いたもう・・・』

かくして、地球異国 の服を身に纏い、フェイズガン光の剣 を持つクロードは、人々に《光の勇者》だと思い込まれてしまうのだった。
「勇者として、天変地異の原因について調査をする」という事に、 はじめは反対したクロードであったが、自分の世界に返る方法を探すためにも、彼は調査の旅に出る・・・


レナ編
豊かな自然を持つ惑星エクスペル。
三ヶ月前、この惑星にひとつの隕石が落下した。
そのときから、世界各地では様々な異変が起きていた。群発する地震・・・動物たちの魔物化・・・・人心を失う人々・・・・
人々は、この隕石の事を厄災の象徴とみなし、《ソーサリーグローブ》と呼んで恐れたのだった。

その頃、大陸南端にある、緑に囲まれたアーリア村にレナという少女が住んでいた。 ある日、彼女は村から少し離れた場所にある神護の森で、謎めいた青年クロードと出会う。 彼の姿は、レナが幼い頃から幾度となく子守唄のように聞かされていた 伝説の《光の勇者》そのものであった。
レナは自分だけが持つ不思議な治癒能力の謎と、過去を探るため、 クロードと共に《ソーサリーグローブ》の調査の旅に出る・・・